멤브레인 모듈,원수를 막 여과하여 막여과액을 얻는 정밀여과막과 한외여과막 중 적어도 하나를 포함하는 막모듈의 세척방법에 있어서, 수분 회수율 저하를 감소시키면서 막모듈을 효과적으로 세척하기 위한 방법에 관한 것이다. 및 약품을 함유한 물을 막모듈의 공급측으로 공급하여 확산시키는 세정단계, 약품확산단계 이후 약품이 막모듈의 여과측으로 누출되어 잔류하는 것을 방지함으로써 약품의 비용을 절감할 수 있다. 막모듈의 피드측에서 막모듈의 여과측으로 진행하고, 이어서 여과된측에서 막모듈의 피드측으로 막 여액을 유동시켜 막모듈을 역세하는 역세단계를 거친다. 화학확산단계에서는 막모듈의 여과측으로 확산되는 화학물질의 농도에 따라 화학확산단계의 수행시간을 조절하는 단계가 수행된다.